Michael Emerson a fait du théâtre avant de se lancer dans le cinéma. Il travaille également comme illustrateur pour des journaux tels que le Boston Globe et le New York Times. Michael est diplômé de la prestigieuse « Professional Actor Training M. F » et de la « Drake University ». Il y a d'ailleurs reçu une distinction dans l'Art théâtral. Il est marié à l'actrice
Carrie Preston qu'il a rencontré en 1997.
Il a débuté sa carrière de comédien à Broadway en jouant dans des pièces comme The Iceman Cometh et Hedda Gabler. En 1990, il apparaît pour la première fois à la télévision dans le téléfilm Orpheus Descending.
En 2001, il décroche un Emmy Award pour sa prestation dans The Practice où il joue le rôle du serial killer, William Hinks. En 2004, il obtient l'un des rôles principaux dans le film
Saw.
Il est principalement connu en France pour jouer le rôle de Benjamin Linus dans la série télévisée Lost, les disparus (première apparition : le quatorzième épisode de la saison 2). Satisfaits de son interprétation, les producteurs de la série décident de lui donner une place plus importante au sein de la troisième saison ainsi que dans les saisons qui suivirent. C'est pour ce même rôle de Benjamin Linus qu'il a reçu l'Emmy award du meilleur second rôle dans une série dramatique, grâce à son interprétation glaciale et charismatique.