Aubert poursuit des études artistiques à la Chaux-de-Fonds puis s'inscrit à l'École des Beaux-Arts de Genève. Il termine sa formation par l'École des Arts industriels de Paris.
Après avoir voyagé, il fonde avec Le Corbusier les « Ateliers d'Art réunis » en 1909. Puis c'est à Lausanne qu'il crée une école d'art (l'Atelier-École-Aubert) avec les artistes Jacques Berger et Alberto Sartoris. Ses oeuvres sont conservées dans différents musées suisses.
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