Il est le troisième des quatre fils de la famille Isaacs. Jason Isaacs étudie à la Bristol University et sort diplômé de la Central School of Speech and Drama de Londres. Jouant dans deux saisons de la série britannique Capital city, il fait ses premières armes au cinéma en apparaissant aux côtés de Jeff Goldblum et Emma Thompson dans la comédie romantique The Tall Guy (1989) de Mel Smith.
En 1994 débute une fructueuse collaboration entre l'acteur et le cinéaste Paul Anderson, qui le dirige à quatre reprises : Shopping (1994), Le vaisseau de l'au-delà (1997), Soldier (1998) et Resident Evil (2002). Il multiplie les petits rôles à l'écran, notamment dans Coeur de dragon (1996), Armageddon (1998), La Fin d'une liaison (1999) et
Sweet November (2001).
En 2000, le visage et le regard d'acier de Jason Isaacs deviennent familiers aux yeux du grand public grâce au film The Patriot, dans lequel il campe face à Mel Gibson le colonel William Tavington (Banastre Tarleton). Cette performance lui vaut d'ailleurs d'être nommé au Prix du London Film Critics' Circle. Paraissant à la fois séducteur et hautain, il se montre à l'aise dans les rôles d'officier, comme en témoignent ses prestations dans La Chute du faucon noir (2002) de Ridley Scott et Windtalkers, les messagers du vent (id.) de John Woo.
Isaacs semble depuis peu se spécialiser dans les rôles de méchants charismatiques, comme en témoignent ses interprétations de Lucius Malefoy dans
Harry Potter et la Chambre des secrets (2002),
Harry Potter et la Coupe de feu (2005), Harry Potter et l'Ordre du phénix (2007) ou du capitaine Crochet dans l'adaptation cinématographique de
Peter Pan (2003) signée
P.J. Hogan.
Jason est marié à Emma Hewitt, réalisatrice de films documentaires pour BBC. Ils se sont rencontrés sur les planches de leur université commune en 1988. Ils ont deux filles nommées Lily et Ruby.